Una vez que los estudiantes hayan completado su formación metodológica y disciplinaria, se introducirá al alumno a las áreas de estudios en la que el alumno potencialmente podría desarrollar su trabajo de tesis. El Modelo de Investigación y transferencia contempla los cuerpos interdisciplinarios entre las Ciencias Sociales y de ellas con las Ciencias Naturales como su campo teórico. Para ello, utiliza el análisis empírico y la modelación matemática como métodos de investigación.

La tradicional noción de incompatibilidad entre ciencias sociales y ciencias naturales ha impedido la comprensión profunda de la interacción social. Contra dicha tradición, la ciencia ha ido acumulando evidencia que la interacción social está condicionada por aspectos biológicos, psicológicos, culturales, económicos e institucionales.

Los alumnos del programa, desde su ingreso, se insertan en proyectos asociados a dos líneas de investigación:

• Fundamentos de la Cognición y el Comportamiento Social (Foundations of Social Cognition and Social Behavior). A partir del uso de técnicas experimentales (utilizando el paradigma de la Teoría de Juegos Experimental (Experimental Game Theory) y, en el caso de los estudios de neurociencia, complementados con registros de fMRI, EEG y TMS), tanto en el laboratorio como en el campo (para este efecto los alumnos cuentan con un laboratorio móvil que dispone de 50 tabletas en red), e informadas por cuerpos interdisciplinarios, como la psicología evolucionista, la antropología biológica y la economía política se estudian los mecanismos psicológicos y  neurobiológicos que subyacen a patrones de comportamiento emergente en contextos de interacción social a nivel micro o meso.

• Ciencias Sociales Computacionales (Computational Social Sciences). A través de técnicas como análisis multivariado, minería de datos (Data Mining), aprendizaje automatizado (Machine Learning) o de procesamiento de lenguaje natural (Natural Language Processing) y haciendo uso de la información disponible a partir del registro de nuestra huella digital (p.ej., Twitter, redes de celulares, Web of Science), junto a técnicas de modelación como la simulación basada en agentes o análisis de redes, se estudian dinámicas complejas asociadas a la formación de redes de apoyo mutuo y la difusión de ideas.