Las líneas de investigación del doctorado son tres:

• Fundamentos de comportamiento humano: el programa integra la formación en teoría de la acción racional con la disciplina de la neurociencia social. Esta línea desarrolla la identificación de los sistemas neurobiológicos involucrados en los mecanismos cognitivos y emocionales en los que se sostiene la comprensión del comportamiento en contextos sociales.
• Dinámica Social: profundiza en la articulación de fenómenos sociales a partir de técnicas de modelación, teoría de precios, teoría de juegos, análisis de redes y simulaciones, para comprender fenómenos emergentes como la cooperación, estratificación y cambios de paradigma en sistemas de conocimiento.
• Instituciones: indaga en las reglas e instituciones que emergen producto de la interacción entre seres sociales. Tanto las razones tras su surgimiento en contextos sociales como en la forma en que éstas, una vez creadas, condicionan el comportamiento humano y dinámicas sociales.