Al final de los tres semestres, el alumno deberá rendir exámenes de calificación en ambas ramas de la formación en métodos y en una de las áreas de estudio. En el cuarto semestre, los alumnos estudiarán la literatura de frontera en las líneas de investigación en las que se concentra el trabajo de la red de investigación asociada al programa. Durante este semestre, los alumnos desarrollarán un proyecto de investigación que, en caso de ser aprobado, guiará el trabajo de tesis durante los siguientes cuatro semestres. Para incentivar la pronta inserción de los alumnos en proyectos de investigación, las unidades de investigación que preceden al proyecto de tesis pueden ser inscritas por el alumno desde que inicia su participación en el programa.

Después de interiorizarse en el trabajo de la red de investigadores involucrados en el programa durante el tercer semestre, el estudiante divide su tiempo entre la preparación de los exámenes de calificación y la elaboración de unidad de investigación. En esta última, el alumno desarrolla de forma supervisada un proyecto de investigación con el objeto de interiorizarse con el trabajo investigativo independiente (cuarto semestre).

El componente de investigación involucra:

• (a) la integración de los estudiantes a la Facultad de Gobierno a través de su participación en unidades de investigación asociadas a los proyectos vigentes en el centro;
• (b) la orientación y acompañamiento por tutores y co-tutores en su proceso de formación como investigador autónomo,
• (c) la preparación de un proyecto de investigación y
• (d) el desarrollo de un proyecto de tesis propiamente tal.

Dicho proceso termina en la presentación y defensa de su tesis doctoral. Por este motivo, una adecuada comprensión de la complejidad de los sistemas sociales requiere de un desarrollo multidisciplinario que integre los aprendizajes de distintos marcos teóricos y metodológicos. Con ese objeto, la investigación del programa se divide en dos líneas de investigación complementarias en ciencias sociales básicas, cuyos resultados pueden informar el comportamiento social en una amplia esfera de contextos sociales: 1) Fundamentos del Comportamiento y la Cognición Social (Foundations of Social Cognition and Social Behavior) y 2) Ciencias Sociales Computacionales (Computational Social Sciences)

Se espera que el trabajo de investigación de los alumnos se desarrolle en proyectos conducentes a la producción de artículos indexados (WOS/SCOPUS) que se enmarquen en alguna de las líneas de investigación del programa.

En términos generales, se valora que un proyecto doctoral posea los atributos que le dan el sello a la red de producción de investigación en la que se apoya el programa. Esto es, la aproximación interdisciplinaria a fenómenos sociales de alta relevancia para el funcionamiento de la vida en la sociedad moderna, como la cooperación o la comunicación en red, entendiendo sus principios básicos para luego aplicarlos a contextos específicos como el cuidado de un recurso común o la difusión de una nueva idea. Si bien no constituye una exigencia del programa, la participación en proyectos de transferencia.